Cikal bakal gereja IFGF GISI Tokyo (dulunya bernama gereja IFGF Agape Tokyo) dimulai dari sebuah kelompok kecil persekutuan doa. Persekutuan doa ini beranggotakan para pelajar yang takut akan Tuhan dan mempunyai semangat berapi-api untuk menjadi saksiNya. Mereka giat dan tekun dalam belajar Firman, berdoa dan bersaksi, serta terus menjaga persekutuan di antara sesama mereka. Tuhan bekerja, menambahkan jiwa demi jiwa, sampai tiba waktunya untuk menjadi sebuah gereja lokal.

Desember 1989 merupakan saat lahirnya gereja lokal IFGF GISI Tokyo. Kebaktian perdana diadakan di Gereja “Shalom” Shinjuku. Pada awalnya, banyak tantangan yang harus dihadapi, tetapi seperti yang tertulis di Yakobus 1:2-4, tantangan-tantangan ini menghasilkan ketekunan dan pertumbuhan.

Pada Februari 1991, Ps. Caleb Supratman diutus oleh organisasi gereja IFGF GISI untuk pelayanan di gereja lokal IFGF GISI Tokyo. Tahun 1995, Ps. Caleb diordinasi sebagai gembala gereja IFGF GISI Tokyo oleh Pdt. Jimmy Oentoro dan Pdt. Fendy Hutomo.

Dengan kasih dan anugerahNya, Tuhan terus menjaga dan memberi pertumbuhan kepada gerejaNya ini. Sampai saat ini, gereja IFGF GISI Tokyo telah melahirkan para hamba Tuhan yang melayani selain dalam negeri Jepang, juga meluas ke Taiwan, Korea, Hongkong, dan Beijing. Kami percaya bahwa Tuhan sendiri yang akan membawa gereja IFGF GISI Tokyo-Oarai-Gunma untuk terbang semakin tinggi, menjadi berkat bagi bangsa-bangsa.